当山は奈良時代、紫雲山佛光寺と称し、赤坂岡山に開創され、慶長10年（1605）現在の地に移転した。

この年は江戸幕府の2代征夷大将軍に徳川秀忠公が就任した年で、秀忠公の正室お江与の方の生母・お市の方の23回忌にも当たる。

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福井城の初代藩主・松平（結城）秀康公は秀忠公の兄であり、当山移転の翌年には福井城が完成した。当地は、福井城下南の砦の地で、天正11年（1583）にお市の方が夫・柴田勝家公と共に自害して果てた北之庄城下でもあった。

そのため、お市の方の菩提を弔うべく現在の地に移り、お市の方の院号（「自性院」微妙浄法大姉）を賜り、如意輪山願應寺自性院と改称した。

以後、お市の方の菩提寺となる。

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江戸時代初期、東叡山寛永寺が元和8年（1622）、秀忠公と天台宗の高僧・天海によって発願され、寛永2年（1625）に3代将軍家光公が建立した後は、その支院となる。当山の寺紋が徳川家と同じ三つ葉葵なのはそのためである。

また、東照宮別当職泉蔵院(現在の佐佳枝廼社)の縁故寺院でもある。

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かつては、当山より比叡山延暦寺執行探題を務める大僧正を輩出した時代もあったが、江戸時代には二度の大火により全焼。また昭和時代には福井大空襲、その直後の福井大地震により多くの諸堂・仏像を焼失した。

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さらには、農地解放・都市整備計画などでも境内地が減少し、昔日の面影はなくなった。それでも、昭和初期にはまだ身の丈を超える仏像や大小諸堂が残っていた。

 

現在の姿は、昭和55年（1980）の本堂再建から平成6年（1994）の薬師堂再建により境内地内の整備を完了したものによる。